公积金扣款不足二次补扣有以下方法：
1、可以申请再次扣款：如果是扣款日还没有过的情况下，可以向扣款银行卡中转入充足的还款金额，向公积金贷款机构拨打电话申请重新扣款。
2、可以补缴：是单位缴纳公积金扣款日余额不足，可以在后面补交。《住房公积金管理条例》第二十条规定，单位应当按时、足额缴存住房公积金，不得逾期缴存或者少缴。
1、补交公积金的标准主要依据补缴时的上月平均工资或上一年度平均工资作为缴费基数，然后按照住房公积金的缴存比例进行补缴。具体计算公式是：补缴金额=补缴基数*缴存比例。
2、需要注意的是，具体的补缴基数和缴存比例可能会因地区、单位性质和个人情况的不同而有所差异。因此，在进行公积金补缴时，建议向当地的公积金管理中心或相关单位进行咨询，以便了解准确且全面的补缴标准。
3、公积金制度的设立旨在为职工提供住房资金支持，帮助解决住房问题。希望每位职工都能了解自己的权益，合理利用公积金，为自己和家人创造更好的居住条件。