公积金二次补扣不算逾期。在银行办理了公积金贷款之后，如果在还款的时候，银行系统因为还款账户里资金不足导致扣款失败，没能成功还款的话，那客户是可以及时充钱进还款账户里，银行会在第二天进行二次补扣的。第一次扣的时候账户里没有钱，那么过一些时间会进行第二次扣款，这个时候账户里有钱就不会算逾期。
法律依据：《住房公积金管理条例》第二十四条
（一）购买、建造、翻建、大修自住住房的；
（三）完全丧失劳动能力，并与单位终止劳动关系的；
（六）房租超出家庭工资收入的规定比例的。
依照前款第（二）、（三）、（四）项规定，提取职工住房公积金的，应当同时注销职工住房公积金账户。
职工死亡或者被宣告死亡的，职工的继承人、受遗赠人可以提取职工住房公积金账户内的存储余额；无继承人也无受遗赠人的，职工住房公积金账户内的存储余额纳入住房公积金的增值收益。
1、购房优惠，包括公积金贷款买房、公积金一次性提取买房以及帮子女买房等；
2、租房优惠，公积金可申请用来支付房租，以及入驻政府的公租房的房租；
3、装修提取使用，可以到住房公积金的管理部门进行申请和咨询；
4、销户直接提取公积金。如果既没有买房、租房意愿时，可以考虑销户一次性提取，当养老金使用等；
5、纳入低保或特困范围的提取使用。职工被纳入特困救助范围，可提取公积金；
6、治疗重大疾病。家庭成员患重大疾病或重大手术住院治疗，可申请提取住房公积金，进行治疗使用。